Thomas Anderson wiedzie podwójne życie - na co dzień pracuje w koncernie Meta Cortechs jako programista, prywatnie jest genialnym hackerem, działającym pod nickiem Neo. Pewnego dnia nawiązuje z nim kontakt tajemniczy Morfeusz - człowiek, który obiecuje mu odkryć prawdę o rzeczywistości, w jakiej żyją. Prawdę o Matriksie. Prawdę o dwóch światach: prawdziwym i wygenerowanym, który ma tylko "udawać" rzeczywistość. Neo początkowo wbrew sobie przystaje do grupy kierowanej przez Morfeusza, stopniowo jednak sam zaczyna dostrzegać, że ze światem, w którym żył dotychczas, jest coś nie tak. Że jego życiem cały czas ktoś kierował. Kolejne stopnie wtajemniczenia stawiają przed Neo nowe pytania. Który ze światów jest prawdziwy? Czym jest Matrix i komu służy? I jaką rolę w planie Morfeusza ma do spełnienia sam Neo?